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引言

传统的计算机辅助药物设计一般是基于药物和靶标之间的亲和力算法的优化,然而药效的作用不仅仅和平衡态的亲和力有关,同时与靶标蛋白之间的滞留时间相关。因此,高效的药物设计不应仅仅关注平衡态的亲和力分析,同时需要在传统的设计策略的基础上加入药物在靶点中“寿命”的分析。虽然实验技术也可以进行滞留时间的测量(koff),但除了量化滞留时间以外,了解分子解离的决定因素以及解离的途径和能量壁垒也同样重要。这些测定包括但不限于:关键的蛋白-药物和蛋白-蛋白联系,蛋白的构象状态,配体柔性以及溶剂影响等等。

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