AlphaFold3学习笔记 [持续更新中]

最简便的方式为alphafoldserver

1. 基于Docker的AlphaFold3安装

需要CUDA 12.6，Ubuntu 22.04的容器

首先在容器外下载：

git clone https://github.com/google-deepmind/alphafold3.git

下载Genetic数据

cd alphafold3
chmod u+x
./fetch_databases.sh ./db_dir [<DB_DIR>]

2. 构建Docker容器

docker build -t alphafold3 -f docker/Dockerfile .

docker运行：

docker run -it \
    --volume $HOME/af_input:/root/af_input \
    --volume $HOME/af_output:/root/af_output \
    --volume <MODEL_PARAMETERS_DIR>:/root/models \
    --volume <DB_DIR>:/root/public_databases \
    --gpus all \
    alphafold3 \
    python run_alphafold.py \
    --json_path=/root/af_input/fold_input.json \
    --model_dir=/root/models \
    --output_dir=/root/af_output

其中MODEL_PARAMETERS_DIR 和DB_DIR分别为模型与数据库参数

3. 快速使用

JSON 基本如下：

{
  "name": "2PV7",
  "sequences": [
    {
      "protein": {
        "id": ["A", "B"],
        "sequence": "GMRESYANENQFGFKTINSDIHKIVIVGGYGKLGGLFARYLRASGYPISILDREDWAVAESILANADVVIVSVPINLTLETIERLKPYLTENMLLADLTSVKREPLAKMLEVHTGAVLGLHPMFGADIASMAKQVVVRCDGRFPERYEWLLEQIQIWGAKIYQTNATEHDHNMTYIQALRHFSTFANGLHLSKQPINLANLLALSSPIYRLELAMIGRLFAQDAELYADIIMDKSENLAVIETLKQTYDEALTFFENNDRQGFIDAFHKVRDWFGDYSEQFLKESRQLLQQANDLKQG"
      }
    }
  ],
  "modelSeeds": [1],
  "dialect": "alphafold3",
  "version": 1
}

运行

docker run -it \
    --volume $HOME/af_input:/root/af_input \
    --volume $HOME/af_output:/root/af_output \
    --volume <MODEL_PARAMETERS_DIR>:/root/models \
    --volume <DATABASES_DIR>:/root/public_databases \
    --gpus all \
    alphafold3 \
    python run_alphafold.py \
    --json_path=/root/af_input/fold_input.json \
    --model_dir=/root/models \
    --output_dir=/root/af_output

4. 输入模板

具体参考：

https://github.com/google-deepmind/alphafold3/blob/main/docs/input.md