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PyG小白学习笔记-Graph Datasets
官方文档部分 对于数据集,官方提供了两个抽象类:torch_geometric.data.Dataset和 torch_geometric.data.InMemoryDataset,torch_geometric.data.InMemoryDataset继承自torch_geometric.data
深度学习
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2025-10-08
GROMACS下AMBER19SB力场
偶然看到了计算化学公社有大神对ff19sb力场进行了转化 如果您是使用2025.1及以上的版本可以在这里下载: 适用于Gromacs2025之前版本的Amber19SB力场及其配套相关力场 如果是之前的版本可以查看这里: 适用于Gromacs2025之前版本的Amber19SB力场及其配套相关力场
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2025-10-07
Shell失败自动重试
我在执行dl_binder_design的时候,可能是显卡问题执行一段时间alphafold2预测即报core dump的问题,所以使用一个shell脚本进行修复。 #!/bin/bash retries=3 for ((i=0; i<retries; i++)); do # 执行命令 # yo
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2025-07-20
gromacs gmxMMPBSA及能量景观图学习笔记
gmxMMPBSA快速操作笔记 1. 安装 wget https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/env.yml conda env create --file env.yml conda activate gmxMMPBSA #💬 In
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2025-06-25
自用Docker一览
如下是我自用的一些Docker 1. gromacs-GPU Docker 自写gromacs Docker,CUDA版本12.1,gromacs版本 gromacs-2024.5 可从此下载:Dockerfile # Use an official Ubuntu base image FROM n
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2025-05-31
gaussian安装
安装 下列内容需要在同一个目录下,比如~/install目录下 解压缩: tar -Jxvf G16-C01-AVX_Downloadlyr.tbJ cd g16 mkdir scratch gview解压缩: tar -vxf gv6.tar.bz2 写入环境变量: # gaussian ex
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2025-03-27
GROMACS蛋白配体复合物模拟
gromacs小分子的配体的电荷问题一直时gromacs模拟蛋白-配体复合物中的难点与重点~网上有许多相关方面的教程,但是都没有成为系统,应李继存老师之邀,把最近摸索的方法过程总结出来,分享给大家~感谢网络上的朋友对我的帮助~ 一、配体文件构建 1. 高斯输入文件建立: antechamber -i
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2025-03-27
AlphaFold3学习笔记
AlphaFold3学习笔记 一些推举快速阅读的内容 主要是AI4Protein的一些内容 AlphaFold3权重申请指南
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2024-12-26
RFdiffusion学习笔记
RFdiffusion学习笔记 RFdiffusion介绍 TODO RFdiffusion安装 1. 安装准备工作 git下载: git clone https://github.com/RosettaCommons/RFdiffusion.git 进入目录并下载模型的weights: cd R
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2024-11-20
Asciinema介绍学习
Asciinema是一款非常强大的录制终端工具,并可以将终端内容在线发布或者导出为GIF文件 Asciinema快速介绍 具体完整的平台可以查看官网,这里简单介绍一下Debian和Ubuntu的安装: sudo apt install asciinema 使用的方法也很简单 # asciinema
计算机基础
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2024-11-20
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