小康文章阅读笔记

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蛋白设计

Haddock3学习笔记

Haddock3简要介绍 HADDOCK3是长期发展的HADDOCK项目中的新一代集成建模软件。它是对HADDOCK2.X系列的彻底改进与重构,采用了全新的用户交互方式,同时为用户提供了更多新功能,让用户能够自定义工作流程。 在HADDOCK3中,用户可以自由地将不同的HADDOCK3模块组合起来,
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2026-06-13

Proteina-Complexa学习笔记

1. Proteina-Complexa 介绍 蛋白质相互作用建模是蛋白质设计中的核心内容。而机器学习技术的应用彻底改变了这一领域,使其在药物研发等诸多领域都发挥了重要作用。在这种背景下,基于结构的新型配体设计方法,可以被视为一种条件生成模型,或者通过结构预测工具来实现序列优化(“hallucina
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2026-04-30

boltzgen学习笔记

Boltzgen 安装 安装有许多方法,个人比较喜欢使用anconda版本或者docker版本,当然docker版本我更加喜欢 # Build docker build -t boltzgen . # Run an example mkdir -p workdir # output mkdir
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2026-04-30

AlphaFold3学习笔记

AlphaFold3学习笔记 [持续更新中] 最简便的方式为alphafoldserver 1. 基于Docker的AlphaFold3安装 需要CUDA 12.6,Ubuntu 22.04的容器 首先在容器外下载: git clone https://github.com/google-deepm
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2026-03-03

HalluDesign学习笔记

HalluDeisgn学习笔记 1. HalluDeisgn安装 由于我自己比较喜欢Docker,所以使用的docker安装,大致思路为使用CUDA:12.6.3-ubuntu22.04版本的为基本,-v联系git目录至docker中的/app目录,-v联系model文件至docker中的/root
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2026-03-03

预测突变对蛋白蛋白之间相互作用影响学习笔记

预测突变对蛋白蛋白之间相互作用影响学习笔记 1. Cartesian_ddG: 更快更准确的单点突变自由能预测方法 参考1:https://zhuanlan.zhihu.com/p/65451836 参考2:https://docs.rosettacommons.org/docs/latest/ca
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2025-11-11

使用Docker进行Rosetta安装笔记

安装方法可以参考官方给的笔记:https://github.com/RosettaCommons/rosetta/tree/main/docker 首先我们在dockerhub中拉取: docker pull rosettacommons/rosetta:mpi-v3.15 我选择的是3.15 m
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2025-11-11

自用Docker一览

如下是我自用的一些Docker 1. gromacs-GPU Docker 自写gromacs Docker,CUDA版本12.1,gromacs版本 gromacs-2024.5 可从此下载:Dockerfile # Use an official Ubuntu base image FROM n
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2025-05-31

AlphaFold3学习笔记

AlphaFold3学习笔记 一些推举快速阅读的内容 主要是AI4Protein的一些内容 AlphaFold3权重申请指南
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2024-12-26

RFdiffusion学习笔记

RFdiffusion学习笔记 RFdiffusion介绍 TODO RFdiffusion安装 1. 安装准备工作 git下载: git clone https://github.com/RosettaCommons/RFdiffusion.git 进入目录并下载模型的weights: cd R
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2024-11-20