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预测突变对蛋白蛋白之间相互作用影响学习笔记
预测突变对蛋白蛋白之间相互作用影响学习笔记 1. Cartesian_ddG: 更快更准确的单点突变自由能预测方法 参考1:https://zhuanlan.zhihu.com/p/65451836 参考2:https://docs.rosettacommons.org/docs/latest/ca
蛋白设计
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2025-11-11
使用Docker进行Rosetta安装笔记
安装方法可以参考官方给的笔记:https://github.com/RosettaCommons/rosetta/tree/main/docker 首先我们在dockerhub中拉取: docker pull rosettacommons/rosetta:mpi-v3.15 我选择的是3.15 m
蛋白设计
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2025-11-11
自用Docker一览
如下是我自用的一些Docker 1. gromacs-GPU Docker 自写gromacs Docker,CUDA版本12.1,gromacs版本 gromacs-2024.5 可从此下载:Dockerfile # Use an official Ubuntu base image FROM n
蛋白设计
分子模拟
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2025-05-31
AlphaFold3学习笔记
AlphaFold3学习笔记 一些推举快速阅读的内容 主要是AI4Protein的一些内容 AlphaFold3权重申请指南
蛋白设计
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2024-12-26
RFdiffusion学习笔记
RFdiffusion学习笔记 RFdiffusion介绍 TODO RFdiffusion安装 1. 安装准备工作 git下载: git clone https://github.com/RosettaCommons/RFdiffusion.git 进入目录并下载模型的weights: cd R
蛋白设计
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2024-11-20
dl_binder_design学习笔记
dl_binder_design 由于文章我已经看过几次了,这里只是简单进行记录dl_binder_desgin的计算 快速安装 1.准备工作 假设已经安装好CUDA 12.1和MiniConda ,具体方法可以查看网络上的相关教程,非常简单。 克隆最新代码 git clone https://
蛋白设计
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2024-11-19
BindCraft学习笔记
BinderCraft是一款出色的Binder设计工具,其主要的思路为利用AF2的反向传播来生成新的binder,其具有较高的准确度,无需生成大批量的样本用于筛选。 BinderCraft特点 可以自动判断hotspots Binder和target可以进行动态的模拟 使用MPNN SOL 来解决溶
蛋白设计
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2024-11-17