BinderCraft是一款出色的Binder设计工具，其主要的思路为利用AF2的反向传播来生成新的binder，其具有较高的准确度，无需生成大批量的样本用于筛选。

BinderCraft特点

1. 可以自动判断hotspots

2. Binder和target可以进行动态的模拟

3. 使用MPNN _SOL 来解决溶解度的问题

4. 对于电荷的结合口袋或者beta桶结构也能够很好的进行binder设计，当然疏水表面具有更高的成功率

具体的设计流程如下：

BinderCraft缺点

1. 对GPU显存需求很大，target-binder复合物超过500个氨基酸残基需要的显存大约 40GB

2. 使用AF2 monomer筛选，可能会去除亲和力很高的结构

3. AF2对突变不敏感

4. 通病：对亲和力无法进行判断，可以通过Rosetta的物理模块来处理

BindCraft设计流程