BindCraft学习笔记
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2024-11-17
BinderCraft是一款出色的Binder设计工具,其主要的思路为利用AF2的反向传播来生成新的binder,其具有较高的准确度,无需生成大批量的样本用于筛选。
BinderCraft特点
可以自动判断hotspots
Binder和target可以进行动态的模拟
使用MPNN SOL 来解决溶解度的问题
对于电荷的结合口袋或者beta桶结构也能够很好的进行binder设计,当然疏水表面具有更高的成功率
具体的设计流程如下:
BinderCraft缺点
对GPU显存需求很大,target-binder复合物超过500个氨基酸残基需要的显存大约 40GB
使用AF2 monomer筛选,可能会去除亲和力很高的结构
AF2对突变不敏感
通病:对亲和力无法进行判断,可以通过Rosetta的物理模块来处理
BindCraft设计流程
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