小康文章阅读笔记

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BindCraft学习笔记

2024-11-17

BinderCraft是一款出色的Binder设计工具,其主要的思路为利用AF2的反向传播来生成新的binder,其具有较高的准确度,无需生成大批量的样本用于筛选。

BinderCraft特点

  1. 可以自动判断hotspots

  2. Binder和target可以进行动态的模拟

  3. 使用MPNN SOL 来解决溶解度的问题

  4. 对于电荷的结合口袋或者beta桶结构也能够很好的进行binder设计,当然疏水表面具有更高的成功率

具体的设计流程如下:

BinderCraft缺点

  1. 对GPU显存需求很大,target-binder复合物超过500个氨基酸残基需要的显存大约 40GB

  2. 使用AF2 monomer筛选,可能会去除亲和力很高的结构

  3. AF2对突变不敏感

  4. 通病:对亲和力无法进行判断,可以通过Rosetta的物理模块来处理

BindCraft设计流程