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Proteina-Complexa学习笔记
1. Proteina-Complexa 介绍 蛋白质相互作用建模是蛋白质设计中的核心内容。而机器学习技术的应用彻底改变了这一领域,使其在药物研发等诸多领域都发挥了重要作用。在这种背景下,基于结构的新型配体设计方法,可以被视为一种条件生成模型,或者通过结构预测工具来实现序列优化(“hallucina
蛋白设计
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2026-04-30
boltzgen学习笔记
Boltzgen 安装 安装有许多方法,个人比较喜欢使用anconda版本或者docker版本,当然docker版本我更加喜欢 # Build docker build -t boltzgen . # Run an example mkdir -p workdir # output mkdir
蛋白设计
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2026-04-30
RFdiffusion学习笔记
RFdiffusion学习笔记 RFdiffusion介绍 TODO RFdiffusion安装 1. 安装准备工作 git下载: git clone https://github.com/RosettaCommons/RFdiffusion.git 进入目录并下载模型的weights: cd R
蛋白设计
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2024-11-20
dl_binder_design学习笔记
dl_binder_design 由于文章我已经看过几次了,这里只是简单进行记录dl_binder_desgin的计算 快速安装 1.准备工作 假设已经安装好CUDA 12.1和MiniConda ,具体方法可以查看网络上的相关教程,非常简单。 克隆最新代码 git clone https://
蛋白设计
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2024-11-19
BindCraft学习笔记
BinderCraft是一款出色的Binder设计工具,其主要的思路为利用AF2的反向传播来生成新的binder,其具有较高的准确度,无需生成大批量的样本用于筛选。 BinderCraft特点 可以自动判断hotspots Binder和target可以进行动态的模拟 使用MPNN SOL 来解决溶
蛋白设计
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2024-11-17